החברות באיגוד מותנית בחברות בהר"י, למעט חברי חוץ. באיגוד 5 סוגי חברויות: חבר מן המניין, חבר שלא מן המניין, חבר נלווה, חבר חוץ וחבר כבוד.

1. כחבר מן המניין – יוכלו להתקבל רק רופאים חברי הר"י בעלי תואר מומחה ורק אלו יוכלו לבחור או להיבחר למוסדות האיגוד.
2. כחבר שלא מן המניין – יוכלו להתקבל רופאים חברי הר"י המתמחים באותו ענף או שיש להם עניין בענף. חברים שלא מן המניין יוכלו ליהנות מכל הזכויות כחברים מן המניין, להוציא זכות לבחור או להיבחר למוסדות האיגוד.
3. כחבר נלווה – יוכלו להתקבל בעלי מקצוע פרה רפואי אשר יש להם עניין בענף.
4. חבר חוץ – רופא המוכר על ידי איגוד מקצועי בארץ מגוריו ומבקש להיות חבר באיגוד, או חבר מן המניין שייעדר מן הארץ לתקופה של יותר משנתיים ומבקש להיות חבר חוץ באיגוד.
5. חבר כבוד – חבר אשר האיגוד מבקש להעניק לו הוקרה עקב תרומתו המיוחדת למקצוע בארץ. חברות כבוד תוענק על ידי ועד האיגוד ברוב של לפחות שני-שליש מחברי הוועד.